Trnkovo dílo přitom dobře znají malí i velcí. Děti tak již půlstoletí zbožňují příhody party kluků a protivného kocoura, které s vydatným přispěním první ženy Heleny vyprávěl a hlavně nakreslil v knížce Zahrada. Velkou inspirací mu tehdy, začátkem 60. let, byla skutečná zahrada košířské vily Turbová, kde žil a tvořil od roku 1939. Stejné místo je k nalezení také v Trnkově loutkovém filmu Císařův slavík z roku 1948, zdejší půvabná zákoutí posloužila při natáčení exteriérových záběrů.
Zahrada je nicméně důkazem tvrzení, že Jiří Trnka patřil k malířům, jejichž „dětské“ ilustrace často baví víc dospělé a děti k nim s věkem teprve dozrávají. Tak je tomu i u obrázků ke Karafiátovým Broučkům, Hrubínovu Špalíčku veršů a pohádek, Pohádkám tisíce a jedné noci nebo Míšovi Kuličkovi. Trnka během svého života ilustroval na šest desítek knížek a za doprovod k Andersenovým pohádkám dostal v roce 1968, pouhý rok před smrtí, prestižní cenu nesoucí jméno slavného spisovatele.
Většinu své energie ale Jiří Trnka přesto od konce války věnoval animovanému filmu. Ten poznal už koncem 30. let, kdy pro reklamního režiséra a průkopníka české animace Karla Dodala vytvořil několik loutek. Naplno se oživování loutek začal Trnka věnovat po roce 1945, kdy s Karlem Zemanem a Hermínou Týrlovou. A jeden z prvních filmů, Zvířátka a Petrovští, vynesl Trnkovi v roce 1946 cenu v Cannes.
Trnka ale nebyl úplně spokojený, toužil po studiu, kde by se věnoval jen loutkám - a také jej nakonec v roce 1947 založil. Mezi roky 1957 a 1965 pak Jiří Trnka, k jehož nejbližším spolupracovníkům patřil třeba Břetislav Pojar, vytvořil dvě mistrovská díla. Nejprve Sen noci svatojánské, širokoúhlou loutkovou verzi Shakespearovy hry, uvedený do kin po dvouleté náročné přípravě v roce 1959. A v polovině 60. let měla premiéru Ruka, poslední Trnkův snímek, považovaný právem za vyvrcholení jeho tvorby. „Trnka se nadechl a plivnul mocným tohoto světa do ksichtu,“ řekl po shlédnutí filmu Jan Werich.
Ruku, která dostala ceny ve Francii, Itálii či Španělsku, si na obou stranách železné opony vykládali po svém. Československý režim v ní viděl kritiku kapitalismu, zatímco západní kritikové z filmu cítili útok na komunismus. Trnkovi, kterého v té době začínala trápit plicní choroba, to ale – přes ostrou kritiku například z východního Německa – neublížilo. Jeho dílo totiž přinášelo státu cenné devizy, které přitom plynuly nejen z animovaných filmů, ale také z jeho četných knižních ilustrací.
Jiří Trnka zemřel 30. prosince 1969 v pouhých sedmapadesáti letech.
