Nejvytíženějším, a tudíž nejvýnosnějším je úsek od Plané nad Lužnicí po Soběslav, kde dopravci zaplatili zhruba dva miliony korun. Obě města byla před otevřením dálnice nejvíce poškozena těžkou dopravou. Přestože některé kamiony stále jezdí po staré trase, starosta Plané nad Lužnicí Jiří Šimánek zůstává v klidu. „Pokles provozu přes centrum je zcela zásadní. Kdyby to takto zůstalo, budeme spokojeni,“ uvedl Šimánek. Podle něj se na původním hlavním tahu dokonce začali objevovat cyklisté, jev dříve nevídaný. Město ve spolupráci s Ředitelstvím silnic a dálnic nicméně chystá instalaci sčítacího stroje, který bude tranzit po staré silnici monitorovat.
Ačkoli už nová D3 vynáší miliony, pro stát zřejmě zůstane méně lukrativní částí dálniční sítě. Příkladem nejvytíženějších komunikací jsou především Pražský okruh a dálnice D1 u Prahy a Brna. Jen za červenec vyneslo nedostavěné torzo Pražského okruhu na mýtném přes 45 milionů. Délkou přitom zhruba odpovídá hotové části D3. Nejvíce platí kamiony na mýtném v úseku Jesenice–Modletice, který ústí na D1. Výjimkou nejsou denní výnosy kolem 300 tisíc korun, zatímco mezi Planou a Soběslaví rekordy zatím činí kolem osmdesáti tisíc korun denně.
Přesto mají jihočeská dálnice D3 a Pražský okruh R1 jedno společné. V posledních pěti letech se tam uskutečnila největší slavnostní otevření. Jihozápadní část okruhu o délce 22 kilometrů byla otevřena v roce 2010.
