Z dopravního hlediska má větší význam výstavba u Budějovic, ačkoliv jde o pouhé tři kilometry. Dálnice se po 70 letech plánů poprvé dotkne cílového města a výrazně zjednodušší vjezd do něj. Obejde totiž předměstí Borek, které působí jako dopravní špunt. Na dálnici ale doplatí podnikatelé z Borku, neboť vjezd do jihočeské metropole je lemován autosalony a čerpacími stanicemi. U Veselí nad Lužnicí se bude stavět necelých šest kilometrů.
Začne se tím, že se v dálnici promění obchvat města, skončí se v polích u Bošilce. Obchvat naváže na zhruba 25 kilometrů „dé trojky“ z Tábora k Veselí, které jsou nyní ve výstavbě. Ačkoli v roce 2010 sliboval tehdejší ministr dopravy Vít Bárta dokončení této stavby před koncem roku 2012, dnes to vypadá na rok 2013. Řidičům tento úsek výrazně ulehčí cestu.
Nynější silnice číslo 3 vede hustě osídlenou aglomerací pod Táborem, kde jsou dlouhé kolony na denním pořádku. Pokud jde o jižní Čechy, bude pak k dokončení D3 stačit propojit Bošilec a Borek, což je asi 17 kilometrů. Tady chce ŘSD otestovat projekt PPP. „Podle našich předpokladů by se mohlo začít v roce 2014,“ řekl nový šéf ŘSD David Čermák.
