Podle NKÚ ministerstvo například porušilo ustanovení zákona o rozpočtových pravidlech, neboť do centrálního informačního systému, který eviduje dotace ze státního rozpočtu, nezaznamenalo ani nepřeneslo údaje o dotacích vyplacených v letech 2007 až 2009 v celkové výši 1,18 miliardy korun.
MZe navíc u některých dotačních programů neprovádělo finanční kontrolu ve smyslu zákona o finanční kontrole a nevěnovalo dostatečnou pozornost tvorbě zásad pro dotační programy. Podmínky stanovené pro některé programy totiž neodpovídaly znění zákona účinnému v kontrolované době, uvedl NKÚ.
Kontroloři dále zjistili, že Agentury pro zemědělství a venkov, které rovněž spadají pod MZe, v kontrolovaném období neuváděly vždy adresu poskytovatele. Pardubická Agentura pro zemědělství a venkov pak v roce 2009 dostatečně nezkontrolovala žádost Národního hřebčína Kladruby o dotaci. Ministerstvo na jejím základě následně rozhodlo o udělení o 23 a půl tisíce korun vyšší podpory hřebčínu, než mělo být. Brněnská pobočka v některých případech neprokázala provedení předběžné kontroly žádostí o dotace.
Celkové dotace do tuzemského zemědělství a příbuzných oborů v loňském roce vzrostly o 4,2 procenta na 43,6 miliardy korun. Ze zdrojů Evropské unie směřovalo do odvětví 28,8 miliardy korun, z národních zdrojů 14,8 miliardy korun.
