Správní řízení vede ÚOHS s Českými drahami na podnět RegioJetu od roku 2012. Zatím ale rozhodnutí nevydal. Státního dopravce ÚOHS podezřívá ze zneužití dominance na trati Praha - Ostrava. České dráhy od začátku řízení popírají, že by zákon porušily. RegioJet postup úřadu v minulosti několikrát kritizoval. V žalobě protestoval mimo jiné proti množství informací, který ÚOHS po RegioJetu a skupině Student Agency požadoval.
ÚOHS se hájil tím, že informace potřebuje k vyhodnocení situace na trhu a chtěl je i po dalším dopravci, kterým je LEO Express. Soud dospěl k závěru, že ÚOHS požadoval jen informace, kterém souvisí se správním řízením, které vede. Jejich množství je přiměřené stejně jako doba, jak dlouho úřad řízení vede. „Soud nemá za to, že by žalovaný (ÚOHS) již překročil meze časové přiměřenosti,“ uvedl v rozsudku soud.
Predátorské ceny
Na jednání Českých drah si kromě RegioJetu stěžoval i konkurenční Leo Express. České dráhy podle svých konkurentů jezdí za nepřiměřeně nízké až predátorské ceny. ÚOHS chtěl, aby České dráhy vedly podrobnější evidenci nákladů a výnosů, což je údajně v zájmu rozvíjející se liberalizace trhu v osobní železniční dopravě.
ÚOHS zatím tvrdil, že z dat, která má k dispozici, nelze určit ekonomiku provozu Českých drah na lince. Účetnictví firmy měl rozebrat znalecký posudek. RegioJet tvrdil, že posudek není potřeba, protože České dráhy povinně vedou oddělenou účetní evidenci pro dopravu v závazku veřejné služby podle jednotlivých linek.
RegioJet chtěl, aby se ve sporu vydalo předběžné opatření, což v říjnu 2012 zamítl Krajský soud v Brně. Antimonopolní úřad začal cenovou politiku Českých drah zkoumat na podzim 2011, v lednu 2012 zahájil řízení.
