K analýze české ministerstvo vnitra připojilo otázky týkající se kvót na přerozdělování žadatelů o azyl mezi členské země EU a okolností celého spouštěného mechanismu. Praha chtěla například vědět, proč nebylo využito institutu dočasné ochrany, jak technicky řešit přemístění uprchlíků do zemí, kam nechtějí, či zda se k povinné relokaci mohou vyjadřovat národní parlamenty.
Ministerstvo vnitra se s otázkami k migrační krizi obrátilo na Evropskou komisi počátkem října. Odpovědi, které na tyto dotazy předtím dostalo od lucemburského předsednictví EU, označil ministr vnitra Milan Chovanec (ČSSD) za nedostačující. Lucembursko podle Chovance navíc uvedlo, že na některé otázky není kompetentní odpovídat.
Státy unie přes odpor ČR, Slovenska, Maďarska a Rumunska v září rozhodly o přerozdělení 120 tisíc uprchlíků z Itálie a Řecka mezi ostatní země unie. Spolu s dobrovolným převzetím 40 tisíc osob, které se dohodlo na jaře, se tak má plán nyní týkat 160 tisíc Syřanů, Eritrejců a Iráčanů, kteří mají velkou šanci v Evropské unii azyl skutečně získat.
Tento přesun měl být prvním krokem, Evropská komise navrhla trvalý přerozdělovací mechanismus. Umožňoval by právě evropské exekutivě spouštět v případě dalších krizí přerozdělování uprchlíků z postižené země mezi ostatní státy automaticky, bez zdlouhavého vyjednávání s členskými státy osmadvacítky. V názoru na navrhované zavedení trvalého mechanismu ale mezi unijními zeměmi panují rozpory. Česko trvalé migrační kvóty odmítá.
