Jančura podal do Bruselu podnět k prošetření dvou případů souvisejících s Českými drahami před dvěma lety. První se týkal převodu majetku ČD na Správu železniční dopravní cesty, za který dráhy v roce 2008 inkasovaly od ministerstva dopravy 12 miliard korun. Druhá stížnost se týkala regionální železniční dopravy, na kterou v roce 2009 podepsaly kraje na deset let smlouvu s ČD bez výběrového řízení.
Oba případy považuje Jančura za nedovolenou státní podporu, jelikož si ČD mohou ze státních peněz financovat osobní dopravu. České dráhy obě obvinění odmítají.
Podle informací HN se komise přestala zabývat oběma případy. RegioJet ale žádné rozhodnutí od EK nedostal, přesto podle mluvčího Aleše Ondrůje udělá firma vše pro to, aby řízení pokračovalo. Komise uvedla, že pokud Jančura dodá nové informace, může začít nové šetření.