Se zachováním prostoru pro další dvě koleje podél ulice Na Florenci nesouhlasila Praha 1, která vlastní v lokalitě jeden z pozemků. Zastupitel Prahy 1 Filip Dvořák (ODS) na jednání výboru zastupitelstva už dříve řekl, že jde jen o „odstavnou plochu“ pro vlaky v centru města. Koleje podle něj nejsou efektivně využívány. Dnes ale změna hladce bez jakékoli diskuse.
Podle dřívějšího vyjádření primátorského náměstka Tomáše Hudečka (TOP 09) je Masarykovo nádraží pro Prahu jedním z klíčových nádraží především kvůli napojení na trať z Kladna, která není spojena s hlavním nádražím. „Masarykovo nádraží si svůj vliv ponechá na dlouhou dobu, jeho význam by měl být spíše posílen,“ řekl Hudeček.
Vlastníkem většiny pozemků na Masarykově nádraží jsou České dráhy (ČD). Přestavbu nádraží plánuje společnost Masaryk Station Development, v níž ČD vlastní asi 34 procent a většinu má investiční skupina Penta.
Masarykovo nádraží slouží především příměstské dopravě, denně jím projde přes 30 tisíc cestujících.
