Vědci ve stanovisku AV ČR poukazují také na extrémní investiční náročnost, podle odhadů by si stavba vyžádala stovky miliard korun. Provozní náklady by podle odborníků znásobila nízká vodnatost české krajiny a nutnost překonávat velké výškové rozdíly. Nemůže se prý proto očekávat, že by se kanál využíval pro pravidelnou nákladní kontejnerovou dopravu.
Navíc by kanál zhoršoval hospodářské výsledky v současnosti kapacitně značně nevytížené souběžné železniční dopravy, upozornila komise. Ekologickou újmu z výstavby odhadla pomocí metody hodnocení biotopů Česka na 16,5 miliardy korun, následný pokles biodiverzity a každoroční úbytek životodárných služeb ekosystémů minimálně na desítky miliard korun.
Výstavba kanálu by si podle komise Akademie věd vyžádala rozsáhlé zemní práce. Těžce by narušily přirozený rozklad organických látek a následně způsobily ztrátu vody z dotčených půd a snížily jejich sorpční schopnosti.
Velkým zastáncem průplavu, který by spojoval Labe, Dunaj a Odru, je přitom prezident Miloš Zeman. Podle něj by pomohl nastartovat české hospodářství. Hlava státu prosazovala projekt i při středeční návštěvě Evropského parlamentu. Ve Štrasburku zahájil Zeman o kanálu výstavu. Proti stavbě je například Strana zelených, která upozornila na ekonomická i ekologická rizika obří vodní cesty.
