Josef Dobeš označil rozruch kolem dotací na vzdělávání za hysterii a brání se, že za chyby v čerpání fondů může bývalé vedení ministerstva školství, kontrolní orgán ministerstva financí a pochybení Středočeského a Ústeckého kraje. Dobeš zároveň slíbil, že se už pracuje na nápravě, aby dotace v programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost s rozpočtem 53 miliard korun zastaveny nebyly. Pokud by se tak na čas přece jen skutečně stalo, financování projektů by měl převzít stát a dotace by byly uhrazeny později.
Dobeš řekl, že nedostatky v kontrolním systému jdou v mnoha případech na vrub kontrolního orgánu PAS (pověřený auditní subjekt), který metodicky řídí ministerstvo financí. PAS podle Dobeše totiž neodhalil chyby, které následně zjistila Evropská komise. „Devadesát procent výtek je z (projektů) let 2008 až 2009,“ řekl ministr. Tehdy vedl na ministerstvu řízeném Ondřejem Liškou (Strana zelených) sekci pro čerpání EU fondů Jan Vitula (TOP 09).
Jan Vitula ale pochybení odmítl s tím, že problém vězí ve špatném řízení a Dobešova chaotická personální politika. Za působení Dobeše se ve vedení eurobondů vystřídalo už pět manažerů.
V krajských projektech zjistila Evropská komise chyby v Ústeckém a Středočeském kraji. Ústecký kraj údajně dělil zakázky a vznikl zde střet zájmů, Středočeský kraj zase podle zjištění komise neprováděl kontroly projektů.
Stínový ministr školství Marcel Chládek (ČSSD) nicméně označil Dobešova tvrzení za lživá. „Kdyby hanba fackovala, tak má pan ministr obě tváře červené. Místo aby převzal spoluzodpovědnost, tak se snaží házet problémy na kraje,“ řekl.
Na ministerstvo školství padá v souvislosti s využíváním dotací EU kritika již delší dobu, Dobešův úřad navíc patří v jejich čerpání k nejpomalejším. Strany ČSSD a TOP 09 se vzácně shodují, že Josef Dobeš v jeho čele nemá co dělat. Ministr má naopak plnou podporu své strany VV. „Tlak na jeho osobu byl uměle vytvořen,“ míní místopředsedkyně strany a vicepremiérka Karolína Peake.
