Na vině jsou prý nekvalitně připravené projekty a zpožďování. Problémy s čerpáním z EU má ministerstvo dlouhodobě. Ministerstvo se nyní pokusí vyjednat s Evropskou komisí takzvané finanční korekce ve výši 750 milionů až jedné miliardy korun. Jedná se o peníze, které EK neproplatí na schválené projekty, ale lze je využít v jiných výzvách. Pokud se to však nepodaří, mělo by to dopad na státní rozpočet.
V programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost byla ministerstvu kvůli problémům s čerpáním pozastavena dotace 1,2 miliardy korun. Na splnění doporučení Evropské komise a zaslání návrhu oprav systému má ministerstvo čas do září.
Z programu mělo Česko do roku 2013 na nejrůznější výukové projekty získat celkem 1,83 miliardy eur (přes 45 miliard korun). Vláda ale rozhodla o převedení miliardy korun do programu Lidské zdroje a zaměstnanost spravovaného ministerstvem práce. Hrozilo totiž, že by se nepodařilo všechny peníze vyčerpat.
