Podle MMR bylo identifikováno pět slabých míst při čerpání z fondů EU. Jde především o základní nastavení a nezávislost auditního systému, řešení nesrovnalostí kontroly vykonávané řídícími orgány či zpřísnění personální politiky. Česká republika do června připraví taková opatření, která budou řešit slabá místa systému nastaveného v roce 2006.
„Hlavní změnou bude postupné převedení pověřených auditních subjektů pod ministerstvo financí, což je významná systémová změna, která se promítne do nastavení všech operačních programů. Dojde k faktickému posílení metodické a auditní role ministerstva financí, které by mělo EK přinést dostatečnou míru jistoty, že řídící a kontrolní systémy v ČR fungují nezávisle a spolehlivě,“ poznamenalo MMR.
Výhrady EK směřující k absenci zákona o státní službě budou podle MMR řešeny metodickými postupy pro výběr zaměstnanců ve strukturálních fondech. „I v ostatních oblastech jsou již připravovány konkrétní kroky, které do června 2012 přinesou potřebná zlepšení,“ dodává. Výtky EK, včetně potřebných nápravných kroků, má vláda projednávat na jednom z nejbližších jednání. Varovným dopisem činí EK podle MMR preventivní krok, kterým po téměř všech členských zemích vyžaduje důslednější kontrolou a splnění určitých opatření před odesíláním žádostí o platby. „Je třeba také zdůraznit, že toto opatření se týká přibližně třetiny operačních programů napříč Evropskou unií. V ostatních zemích se tento fakt nestal politickým tématem, ale zůstal v rovině věcných technických řešení,“ uzavírá ministerstvo.
Podle posledních informací k 3. únoru 2012 bylo 75 417 podaných žádostí o podporu z EU v celkové hodnotě 1 179,8 miliardy korun, tedy 149,6 % celkové alokace Národního strategického referenčního rámce (NSRR). Ke stejnému datu bylo odsouhlaseno 34 195 smluv o poskytnutí dotace v celkové hodnotě 569,8 miliardy Kč (72,2 % celkové alokace NSRR). Z toho 313,2 miliardy Kč bylo již proplaceno příjemcům, Evropské komisi bylo předloženo 138,7 miliardy korun certifikovaných výdajů.
