Kromě odškodnění společnost vyplatila zhruba 80 tisíc korun lidem, kterým ujel poslední přípoj a kteří si museli objednat taxi. Dráhy původně očekávaly, že za rok fungování požádá o odškodnění zhruba 34 tisíc pasažérů a že jim vyplatí zhruba dva miliony korun.
Kompenzace dráhy poskytují pouze cestujícím ve vlacích vyšší kvality, kteří si zakoupili jízdenku dražší než 300 korun. Cestující mají při zpoždění nad 60 minut nárok na odškodné v podobě voucheru za 50 korun. Při zpoždění nad 120 minut je jeho hodnota 100 Kč. Nárok na hotovost vzniká u vlaků SuperCity pendolino, zdržení musí být minimálně 30 minut. U těchto vlaků je kompenzace ve výši ceny rezervace, tedy 100 nebo 200 korun.
Výši kompenzací v železniční dopravě stanovuje rovněž nařízení Evropské unie. Pro Česko ale tato přísnější norma není závazná, protože ministerstvo dopravy vyjednalo pětiletou výjimku. K plnění povinností z evropského nařízení se zavázal RegioJet brněnského podnikatele Radima Jančury, který by měl mezi Prahou a Havířovem začít jezdit od 26. září. Od 11. prosince se k evropskému systému odškodnění připojí i České dráhy, řekl Joklík.
Evropské právo počítá s možností zrušení jízdy a vrácením peněz, pokud zpoždění dosáhne 60 minut. Cestujícím zároveň umožňuje vyměnit jízdenku na jiný termín, nebo stanoví finanční kompenzaci za čekání. Ta by v v případě zpoždění od jedné hodiny do dvou hodin odpovídala 25 procentům z ceny jízdného, u delších zpoždění náleží cestujícímu vrácení poloviny ceny.
Vinu za zpoždění musí nést dopravce, aby bylo možné o odškodnění žádat. Časové manko nekompenzuje dopravce v případech, když vlak například zdrží sebevrah, živelná katastrofa, nehoda nebo porucha trolejí, které patří Správě železniční dopravní cesty.
