Kontrola se týkala let 2008 až 2011 a kontroloři prověřili nejen ministerstvo životního prostředí a Státní fond životního prostředí (SFŽP), které se dělí o řízení programu, administraci a kontrolu projektů, ale i třináct příjemců dotací za celkem 280 milionů korun.
Mezi závažné pochybení například patří podle kontrolorů i skutečnost, že jsou ukazatele projektů zaměřených na omezování znečištění nebo snižování environmentálních rizik nastaveny tak, že po dokončení projektů nebude možné vyčíslit, jak se snížilo znečištění nebo omezilo riziko.
Mezi koncepční dokumenty zpracovávané ministerstvem životního prostředí náleží Státní politika životního prostředí České republiky, v době kontroly ale podle NKÚ neexistovala její platná verze. „Vzhledem k významu životního prostředí v České republice a jeho nadnárodnímu charakteru je nezbytné přijmout takové kroky, které by vedly ke schválení nové státní politiky životního prostředí,“ upozornil NKÚ.
:
Kontroloři se zaměřili i na příjemce dotací. Mezi nimi nejzávažněji chybovala pardubická společnost ISATech, která podepsala smlouvu o dílo za 6,4 milionu korun s uchazečem, který nepředložil kompletní nabídku. Dostatečně přesně ani nevymezila předmět dotované veřejné zakázky. „Skutečnosti nasvědčující porušení rozpočtové kázně oznámil NKÚ příslušnému správci daně,“ sdělil úřad.
