Kraj podle obcí nevzal v úvahu, že jejich obyvatelé už nyní trpí hlukem a prachem z dopravy víc, než připouští zákon. „Do již nyní nadlimitně zatíženého území tak zásady územního rozvoje navrhují umístit další zdroje hluku a znečištění ovzduší, což je nezákonné,“ dodal Černý. Podle obcí také kraj nedostatečně srovnal alternativy rozvoje silniční sítě. Autoři územního plánu podle nich pouze učinili pokus srovnat dílčí varianty některých úseků, aniž zohlednili vzájemné souvislosti. Obce navrhují, aby soud zrušil krajský územní plán jako celek. Silniční síť, jak ji vymezuje, prý tvoří tak významnou součást dokumentu, že bez ní nemůže zbytek plnit zákonem dané cíle.
Jihomoravské zastupitelstvo schválilo územní plán v září. Už tehdy odpůrci řešení uvedli, že výsledek napadnou u soudu. Odpovědný krajský radní David Macek (KDU-ČSL) několikrát řekl, že za připraveným dokumentem si stojí. Věří tomu, že kraj při jeho přípravě postupoval přesně podle zákona a před soudem územní plán obstojí. K návrhu podanému k NSS se připojily Bavory, Blažovice, Dolní Dunajovice, Chrudichromy, Jinačovice, Malá Lhota, Modřice, Moravany, Nebovidy, Ostopovice, Ponětovice, Sudice, Tvarožná a Želešice. Obce napadly schválené koridory chystaných silnic R43 z Brna do Pardubického kraje i R52, která má dotvořit dálniční spojení Brno-Vídeň. Nesouhlasí ani s některými úseky R55, která má vést z Břeclavi do Zlínského kraje. Dál napadly záměr silnice číslo 38 na Znojemsku a takzvané tangenty v okolí Brna. Jde o dálniční spojky, které mají odlehčit současnému brněnskému úseku dálnice D1 a usnadnit přejezdy mezi D1, D2, R52 a R43.
Macek už dříve připustil, že obce v okolí chystaných silnic, ale i průmyslových zón, budou stavbami dotčeny. Podle něj je kvůli rozvoji třeba něco obětovat a absence dokumentu by vedla k „zásadám územního úpadku“. Chce zároveň přijít s návrhy, jak postiženým obcím stavby kompenzovat. Má se jimi zabývat skupina, která připraví aktualizaci územního plánu. Kraj ji má schvalovat každé dva roky. Odpůrci chystaného dopravního řešení však trvají na tom, aby silnice, s nimiž nesouhlasí, vůbec nevznikly. Marie Špačková z Brna-Bosonoh se například zastupitelů před schválením územního plánu ptala, zda jsou Bosonožští „plnohodnotní občané“, kteří stejně jako zastupitelé „mají nárok na příznivé životní prostředí“. Bosonohy leží u dálnice D1 a už dnes jsou tam překročeny limity hluku, prachu a dalších škodlivin. Územní plán tam počítá s dalšími rychlostními silnicemi a mimoúrovňovými dálničními křižovatkami.
