Při kontrole období od roku 2009 se kontroloři soustředili především na elektrizaci nekoridorových železničních tratí. Česko může z EU na modernizaci železnic v nynějším dotačním období čerpat v Operačním programu Doprava 393,5 milionu eur (asi 10,8 miliardy Kč), ke konci předloňska přitom byla příjemcům proplacena včetně záloh asi třetina této částky a u Evropské komise schválena jen zhruba desetina, konkrétně 40,6 milionu eur. „Ministerstvo dopravy tento trend kontrolorům vysvětlilo jen obecně, když argumentovalo zdržením v přípravě velkých projektů,“ uvedl NKÚ.
Ministerstvo dopravy uvedlo, že na hrozbu nevyčerpání evropských dotací pro modernizaci železnic samo předloni upozornilo. „Je pravda, že v roce 2010 došlo tehdejším vedením ministerstva dopravy k zastavení příprav staveb na železnici. V roce 2012 však dostala SŽDC úkol přípravu staveb nejen obnovit, ale dokonce ji i zintenzivnit. Díky tomu je nyní připraveno i několik náhradních projektů, které napomůžou řádnému čerpání peněz až do roku 2015,“ podotkl mluvčí Martin Novák.
Mezi náhradní projekty podle něj patří například modernizace zabezpečení železničních přejezdů na regionálních tratích a úpravy tratí, kterými se zvýší rychlost vlaků a zlepší přístup k nim. Podmínkou je ale podle ministerstva plná spolupráce měst a obcí při přípravě projektů, stavební zakázky navíc komplikuje odvolávání účastníků soutěží.
NKÚ: Měnily se finanční a časové parametry projektů
Údajné netransparentní rozhodování ministerstva dopravy o přípravě a výstavbě projektů se podle NKÚ projevovalo třeba v tom, že ministerstvo někdy nejdřív samo zpochybnilo věrohodnost dokladů od SŽDC, avšak později na základě totožných dokladů stavební akci schválilo. NKÚ také upozornil, že během rozhodování o přípravě a výstavbě projektů se měnily jejich finanční a časové parametry, aniž by ministerstvo nebo SŽDC vyhodnotily příčiny a dopady těchto změn. „Použitý systém indikátorů a údajů ve výroční zprávě Operačního programu Doprava není věrohodným podkladem pro objektivní vyhodnocení účelnosti a efektivnosti podpory poskytované z fondů EU,“ tvrdí NKÚ.
Kontroloři také zjistili, že některé změny v předmětu a rozsahu díla provedli dodavatelé jen na základě pokynů správce stavby, aniž by na tyto změny uzavřeli dodatky ke smlouvám o dílo. Například při elektrizaci trati Zábřeh-Šumperk proplatila SŽDC jen na základě pokynů správce stavby, tedy bez platných smluv, práce za 15,7 milionu korun. „Zadáváním dodatečných stavebních prací v jednotném řízení bez uveřejnění až po jejich provedení SŽDC pouze formálně naplnila příslušné ustanovení zákona o veřejných zakázkách,“ uvedl NKÚ.
Kontrolní úřad také upozornil, že podle znění některých smluv o dílo byly rezervní položky chápány jako součást celkových smluvních cen díla, aniž by smlouvy stanovily způsob a podmínky jejich čerpání.