Podle auditu ministerstva financí však provázela výběrové řízení na tvorbu tohoto systému řada chyb. Ministerstvo pro místní rozvoj se proti výsledkům auditu ohradilo a ministryně Karla Šlechtová ho označila za neprofesionální. Sporem obou resortů o audit se koncem dubna zabývala i Sněmovna a požádala NKÚ, aby audit ověřil, a to zvláště vůči námitkám, které vzneslo MMR.
Kolegium NKÚ dospělo k závěru, že je smysluplné zahájit kontrolu až v době, kdy bude nový monitorovací systém fungovat. Umožní to mimo jiné posoudit i praktické fungování informační podpory monitorovacího systému pro toto programové období, tedy například vytváření záznamů o výzvách, o projektech, o monitorovacích zprávách a podobně, uvedla mluvčí.
pokud by naši kontroloři na MMR nastoupili v současné době, 'přetahovali' by se o podklady a dokumenty nezbytné ke kontrole s ostatními orgány
Prezident úřadu Miloslav Kala poukázal na to, že v této věci momentálně běží několik šetření, k jejichž zpracování je nutné mít obdobné doklady. „V praxi to znamená, že pokud by naši kontroloři na MMR nastoupili v současné době, 'přetahovali' by se o podklady a dokumenty nezbytné ke kontrole s ostatními orgány. To by fakticky znemožnilo efektivní kontrolu,“ uvedl.
Evropská komise, která závěry z auditu obdržela, dala ve sporu za pravdu ministerstvu financí a potvrdila závěry auditu. O sankcích zatím nerozhodla, chce počkat na konec policejního šetření. O monitorovací systém se zajímá i protikorupční policie. Údajně reagovala právě na předběžné závěry auditu ministerstva financí.