Na některých místech je vozovka zcela zaplavená vodou, jinde provoz znemožňuje bahno, padlé stromy, stržené krajnice nebo propadlá vozovka. Nejvíce kritických míst je na Berounsku, Benešovsku, Táborsku, Českobudějovicku a Jičínsku, ale také v hlavním městě.
Problémy se týkají hlavně okresních a místních komunikací, ale nevyhnuly se ani silnicím první třídy. Neprůjezdná je silnice I/39 v Českém Krumlově, I/27 ve dvou úsecích na Klatovsku, I/2 v Bečvárech na Kolínsku nebo silnice I/20 v Sedleci na Českobudějovicku a v úseku u Protivína na Písecku. Asi 30 centimetrů vody protéká podle Národního dopravního informačního centra přes silnici I/18 v Dublovicích na Příbramsku. Na téže silnici je uzavřený také úsek Kosova Hora-Vojkov.
Uzavírky na silnicích kvůli záplavám|Takto vypadala situace na silnicích v neděli kolem 18. hodiny. Dopravní omezení lze průběžně sledovat na serveru .
V Děčíně je uzavřená Krokova ulice kvůli zaplavenému viaduktu. Ve Svobodě nad Úpou na Trutnovsku nelze projet Úpskou ulicí, v Kutné Hoře je neprůjezdná Pobřežní ulice. V Loděnici na Berounsku se potok Kačák rozlil na Karlštejnskou ulici. V Mladé Vožici na Táborsku dnes komplikovala provoz voda z Panského rybníka.
V hlavním městě stavba protipovodňových zábran a rozvodněná voda uzavřela k dnešním 15:30 devatenáct komunikací, u dalších se uzavření předpokládá. Problémy způsobuje nejen Vltava, ale i rozvodněný potok Botič, který částečně zaplavil Hostivař. K seznamu uzavřených ulic patří i oblasti vymezené ulicemi Kotelní, Nádražní a Lidická a ulicemi V Botanice, Elišky Peškové a Petřínská v Praze 5.
Některé místní a okresní komunikace v Čechách jsou zatopené v délce až několika kilometrů. Platí to například pro silnici mezi Třtěnicemi a Kovačem na Jičínsku nebo úsek u obce Stádec na Táborsku.
Povodně 2013: