Dříve právní úprava umožňovala elektronickou fakturaci na základě strukturované výměny dat EDI zaručující integritu a věrohodnost dokumentu, nebo pokud faktura byla opatřena uznávaným elektronickým podpisem bez ohledu na formát dokumentu. Ty společnosti, které tento způsob elektronické fakturace již dnes užívají, mohou mít praktickou komparativní výhodu. Například dle průzkumu společnosti CCV, elektronické faktury však v současnosti 82 % společností zpracovává bez elektronického podpisu .
Novela zákona o DPH je založena na zrovnoprávnění listinné a elektronické formy daňového dokladu a je zásadní změnou v přístupu k elektronické fakturaci. Ta již nezávisí na konkrétních technologiích, ale právě na vlastnostech elektronických originálů dokumentů. To znamená, že od vystavení až do ukončení archivační doby je zachována: a) věrohodnost původu (je tedy zaručena možnost ověření totožnosti osoby, která plnění uskutečnila nebo která daňový doklad oprávněně vystavila); b) neporušitelnost obsahu daňového dokladu; c) čitelnost (přímo nebo prostřednictvím technického zařízení). Nadále je zachována možnost používat k elektronické fakturaci EDI, stejně jako opatřování elektronické faktury uznávaným elektronickým podpisem.
Pro volbu formy fakturace je důležitý i zákonný požadavek, v případě elektronické fakturace uchovávat také data zaručující věrohodnost původu a integritu daňového dokladu v elektronické formě. To pro některé společnosti již nemusí být tak snadné, pokud například nepoužívají uznávaný elektronický podpis a kvalifikované časové razítko a pokud neumějí správně nakládat s elektronickými dokumenty, nebo nemají důvěryhodný systém správy elektronických dat a dokumentů.
Konverze kdykoli
Bude-li daňový doklad vystaven a uchováván v souladu s požadavky stanovenými právními předpisy, je na volbě společnosti, jak si jejich vlastnosti zajistí. To ovšem může v některých případech vést k zavedení nové povinnosti vůči listinným daňovým dokladům. Pokud má i listinný daňový doklad zůstat ve svém životním cyklu čitelným, neměl by být například užíván k tisku inkoust, který je nestálý a časem bledne.
Příjemnou praktickou změnou novely zákona o DPH je, že umožňuje konvertovat listinné daňové doklady do elektronické formy kdykoli, ne pouze pro účely úschovy, jak povolovalo znění zákona platné a účinné před 1. 1. 2013. Další novinkou je změna rozsahu souhlasu osoby adresáta s elektronickou fakturací. Do konce minulého roku platilo, že osoba, vůči které se zdanění uskutečňuje, musí souhlasit s vystavením elektronického daňového dokladu. Nově je třeba souhlasu nejenom s vystavením, ale i s použitím daňového dokladu v elektronické podobě. Je vhodné předem tento souhlas získat od svých odběratelů v písemné formě tak, aby následně bylo možné nepochybně prokázat splnění zákonné povinnosti. K této praxi momentálně inklinuje i výkladové stanovisko Generálního finančního ředitelství.
Pro praxi novela přichází se dvěma novými pojmy – auditní stopa a kontrolní mechanismy. Kontrolní mechanismy jsou metodou, kterou společnosti budou moci aplikovat k zajištění věrohodnosti původu daňového dokladu a neporušitelnosti jeho obsahu. Jedná se o procesy vytvářející „spolehlivou vazbu“ mezi daňovým dokladem a fakturovaným plněním. Je to právě auditní stopa, kterou je nutné pojímat jako vazbu mezi jednotlivými dokumenty vztahujícími se k danému plnění, které má být prokázáno. Bude se jednat o zdokumentovaný tok průběhu plnění obchodního případu, od jeho zahájení až po ukončení a uzavření.
Může jít například o logický sled různých dokumentů dokládající a prokazující průběh jednoho obchodního případu ve společnosti od jeho počátku, až do konce – poptávka, nabídka, uzavření smlouvy, splnění závazku a jeho potvrzení, dodací list nebo předávací protokol, faktura přijetí platby za poskytnuté služby nebo zboží a bankovní výpis.
Propojení mezi těmito podklady a zpracovanými plněními je spolehlivé, pokud je snadno sledovatelné, pokud auditní stopa bude obsahovat dostatečně podrobné informace k logickému propojení sledu jednotlivých úkonů a dokumentů obchodního případu a bude odpovídat uvedeným postupům a bude zachycovat (prokazovat) procesy, které skutečně nastaly. Lze tedy shrnout, že čím více nepochybně průkazné dokumentace k obchodnímu případu existuje, tím lépe.
Konkrétní způsoby a příklady možností zajištění věrohodnosti původu daňového dokladu, neporušitelnosti jeho obsahu a jeho čitelnosti mají být upraveny v metodickém pokynu Generálního finančního ředitelství. Není však jisté, zda, jak a kdy bude tento metodický pokyn zveřejněn. Bližší návod lze v současné době také najít v dokumentu CENu (European Committee for Standardization).
Řečený dokument se jmenuje Code of Practice on Electronic Invoicing in the Eropean Union, v dokumentu Evropské unie označeném jako Explanatory notes – VAT invoicing rules nebo v Doporučení k praktické aplikaci elektronické fakturace ve vztahu k DPH, vydaného Národním mnohostranným fórem České republiky pro elektronickou fakturaci při Hospodářské komoře ČR v prosinci 2012. Vzhledem k občas specifickým přístupům finančních orgánů České republiky k aplikaci názorů a stanovisek Evropské unii lze doporučit opatrnost při jejich interpretaci v českém prostředí.
Každá společnost si nyní může najít svůj vlastní přístup a model elektronické fakturace. Neznamená to ale nutně, že by se již neměl používat elektronický podpis nebo EDI. Princip „svobodné volby“ formulovaný v novele při použití vlastních kontrolních mechanismů znamená ve skutečnosti vyšší odpovědnost a riziko nejistoty postupu při daňové kontrole.
