Kontroloři zjistili, že resort dopravy nevedl úplné a průkazné účetnictví, protože nezaúčtoval část nehmotného majetku a neprovedl řádnou inventarizaci. Nesprávnosti se týkaly také například neoprávněné tvorby opravných položek k pohledávkám nebo neoprávněné tvorby dohadné položky aktivní.
Podle NKÚ ale není možné vyhodnotit, jestli účetní závěrka ministerstva dopravy podává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví. Zapříčinily to nejednoznačné a nejasné právní předpisy v oblasti účetnictví platné v roce 2011. Kontroloři tak nemohli posoudit, jestli bylo správně účtováno o 34,7 procenta aktiv, 16 procent pasiv, 42,7 procenta nákladů a dokonce o 96,9 procenta výnosů.
V roce 2011 ale došlo k významným změnám pravidel a jejich nejednoznačnost vedla k různým výkladům. „V praxi to znamená, že stejnou finanční operaci na jednom ministerstvu účtují jinak než na jiném. Pokud je účetnictví jednotlivých organizačních složek státu vedeno podle různých výkladů právních předpisů, účetní závěrky se mohou výrazně lišit. Jinými slovy dochází k porovnávání neporovnatelného,“ uvedl Daniel Reisiegel, který kontrolu řídil.
Konkrétní výtky směřují podle mluvčího ministerstva Tomáše Neřolda nikoliv ke špatnému hospodaření, ale právě ke způsobu účtování některých položek. „Ze zprávy je zřejmé, že se nejedná o systémové pochybení, při kterém by došlo k nesprávnému použití prostředků státního rozpočtu, ale pouze o šest nepřesně provedených účetních operací,“ uvedl a dodal, že při celkovému objemu výdajů 47,3 miliardy korun, které v roce 2011 ministerstvo zaúčtovalo, se jedná o chybovost 0,09 procenta.
K některým částem účetní závěrky pak ministerstvo podle NKÚ nepředložilo dostatečné podklady k ověření. Například životnost ekonomického softwaru ministerstvo stanovilo na 30 let, a proto i odpisy rozplánovalo na třicetileté období. „Ministerstvo i přes žádost kontrolorů nepředložilo doklady o tom, z čeho tento odhad životnosti softwaru vycházel,“ uvedl kontrolní úřad a to je podle něj neadekvátní.
:
