Podle Havlíčka našli úředníci po prvním náhledu ve zprávě "poměrně velkou řadu zcela zásadních rozporů". Auditoři podle něj nebrali na zřetel zásadní požadavky a připomínky. Resort podle něj využije možnosti kompletní oponentury, protože kdyby měla být zpráva "překlopena na všechny firmy, byla by to cunami".
"Z pohledu úředníků je to určitý šok, protože oni auditorům odpovídali," řekl Brabec. Uvedl, že kvůli úniku zprávy ministři musí reagovat na to, "že jsou ukřižovávaní na základě spekulací". "Dělají se závěry na základě předběžných zpráv," řekl. Je přesvědčen o tom, že řada věcí se ve zprávě změní.
Ministryně pro místní rozvoj Klára Dostálová (za ANO) zdůraznila, že zprávu resorty budou zpracovávat v režimu důvěrné. Zopakovala, že do Česka přišla nestandardní cestou, bez podpisů, elektronicky, a že sama nebude jednotlivá zjištění komentovat. NOK spadá pod její úřad.
Babiš, který se tiskové konference po jednání vlády neúčastnil, vložil své firmy kvůli zákonu o střetu zájmů v únoru 2017 do svěřenských fondů. Podle návrhu auditní zprávy EK má ale na Agrofert dál vliv a současně má jako předseda vlády vliv i na použití unijních peněz. Česku proto hrozí, že by mohlo podle návrhu zprávy vracet do rozpočtu Evropské unie kolem 450 milionů korun dotací, které Agrofert čerpal. Babiš už v pátek ve Sněmovně prohlásil, že žádné zákony neporušuje a Česko nic Bruselu vracet nebude. Na vyjádření má Česko dva měsíce. Ministryně financí Alena Schillerová (za ANO) v pátek uvedla, že česká strana nyní počká na oficiální překlad z Bruselu, což bude trvat asi měsíc. České úřady budou mít na odpověď dva měsíce.