Podle BIS v Česku hrozí zejména přesunutí extremistických názorů od pravicových a levicových radikálních hnutí, která prý ztrácí na síle, ke standardním stranám zejména na komunální úrovni. Strany by se podle zpravodajců mohly radikalizovat kvůli obavě, že ztratí voliče, kteří nemají důvěru k demokratickým principům. Příčinou je prý ekonomická krize, úsporná opatření vlády a různé korupční kauzy. Obyvatelé jsou podle BIS frustrovaní a mají pocit bezmoci, čehož mohou využít různá uskupení.
Ekonomickou krizi jako možnou příčinu radikalizace některých lidí vnímá také VZ, podle kterého „není vyloučen ani vzestup rizika souvisejícího s hrozbou terorismu“. Zpravodajci se podle zprávy snaží odhalovat pokusy radikálů proniknout mezi vojáky a uchazeče prověřuje. Extremisté mají podle nich hlavně zájem o speciální výcvik, někteří se také stali členy aktivních záloh vojska.
Co se týče organizovaného zločinu ve státní správě, BIS zaznamenala časté ovlivňování úředníků s cílem zbohatnout na veřejných zakázkách. Ceny projektů byly prý často nadhodnocené. Dokazuje to údajně posilující vazby mezi podnikateli a úředníky. Ovlivňovaly se prý také zakázky na externí služby pro úřady zvýhodněním určitých firem. Externí poradenství se kromě právních služeb týká získávání dotací z evropských peněz.
Zpravodajci také upozorňují, že řada obecních společností má nejasnou vlastnickou strukturou. Podíly v nich prý často drží firmy s akciemi na majitele nebo sídlící v daňových rájích. Jako příklad uvádí Pražské služby, ve kterých téměř pětinový podíl akcií drží kyperská firma Soranus vlastněná neprůhlednou skupinou Natland Group Limited. Podobné subjekty prý lze najít v každém regionu, podle BIS jsou to například Vodovody a kanalizace Hradec Králové, Teplárna České Budějovice, Vodovody a kanalizace Chrudim a další.
BIS se zaměřila také na islamisty a zaznamenala debaty muslimské komunity o zavedení islámského práva, zatím hlavně na internetu. V zahraničí je prý úsilí silnější. Podle zpravodajců ale nelze kvůli prosazování myšlenek islamismu vyloučit radikalizaci některých jedinců. Obě zpravodajské služby se shodují v tom, že Česko může být terčem teroristického útoku. Důvodem je zejména jeho spojenectví s USA a Izraelem, členství v EU a NATO a účast na vojenských zahraničních misích.
Ruská diplomacie se hemží špiony
BIS i VZ zaznamenaly posilování vlivu špionů z Ruska a Číny, které je prý znát již několik let. Východní zpravodajci se zajímali o energetiku a ekonomické zpravodajství. Podle BIS je počet špionů v řadách ruské diplomatické mise „velmi vysoký“. Podle VZ ruská činnost ve vztahu k ministerstvu obrany oproti předchozím rokům zeslábla, což je ale prý způsobeno právě zájmem získávat spíše ekonomické a politické kontakty. Podobně se v ČR zaměřují čínské tajné služby.
Zpravodajci upozornili na problém v komunikaci například s příslušníky ruské Federální bezpečnostní služby (FSB). Působí sice jako policejní sbor a tváří se, že je spojencem v boji proti terorismu, zároveň ale vykonává rozvědnou činnost. Tento problém se týká hlavně ekonomické, průmyslové a vědecko-technické špionáže.
Vojenské zpravodajství varuje ve výroční zprávě před stále propracovanějšími kybernetickými útoky a případy počítačové špionáže. Jejich množství prý bude narůstat. Vážným rizikem pro bezpečnost počítačových sítí jsou skupiny, které chtějí nelegálně získat peníze nebo citlivé informace.
Součástí zprávy VZ byly také informace o zahraničních misích. Například jednotka speciálních sil v Afghánistánu osvobodila loni dva rukojmí, zajala několik vysoce postavených velitelů povstalců a zadržela velké množství drog a chemikálií pro výrobu výbušnin. Stovka příslušníků speciálních sil provedla v Afghánistánu téměř 150 operací. Nepříteli v boji způsobila značné ztráty a zapojila se do obrany spojenecké základny. Čeští vojáci prostějovské 601. skupiny při nasazení od prosince 2011 do června 2012 sami nebyli těžce zraněni, ani zabiti.
