Rezignace všech členů původní vědecké rady obsazené „nezpochybnitelnými a nezávislými osobnostmi“ podle Nečase „jasně ukázala, co se v ústavu děje“. „Dnes ve vědecké radě figurují jména bývalých dlouholetých členů KSČ a odpůrců vzniku ústavu, dokonce i lidí, kteří za totality vyučovali dějiny KSČ v Ústavu marxismu-leninismu, to hovoří samo za sebe,“ uvádí Nečas bez uvedení konkrétních jmen ve stanovisku, které dnes poskytl úřad vlády.
Podle zdroje ČTK má Nečas na mysli Jana Rataje, Petra Pitharta, Viléma Prečana a Oldřicha Tůmu.
Předsedkyně hlavní rady ÚSTR Petruška Šustrová Nečasovy výhrady odmítla. „Premiér zřejmě neuznává, že člověk může změnit smýšlení. Poznala jsem v disentu mnoho bývalých komunistů a nemohu proti nim říct ani slovo, naopak si jich vážím,“ řekla Šustrová.
Nečas už dříve obvinil ČSSD, že před budoucí vládní spoluprací s KSČM chce ovládnout ÚSTR a Archiv bezpečnostních složek s dokumenty bývalé Státní bezpečnosti. Sociální demokraté to ostře odmítli a naopak tvrdí, že téma ÚSTR politizují občanští demokraté.
Mezi členy nové vědecké rady jsou například historik a vedoucí exilového Československého dokumentačního střediska nezávislé literatury v Scheinfeldu-Schwarzenbergu Vilém Prečan, disident, politik, historik Petr Pithart (KDU-ČSL), ředitel Ústavu pro soudobé dějiny Oldřich Tůma či francouzská historička žijící ve Vídni Muriel Blaiveová, která dříve usilovala o křeslo ředitelky ústavu, nebo překladatel a chartista Tomáš Vrba.
V předchozí odstoupivší patnáctičlenné vědecké radě byl například kardinál Miloslav Vlk, historici Michal Lukeš, Ladislav Bukovszky, šéf Ústavu národní paměti ve Varšavě Łukasz Kamiński a profesor michiganské univerzity Jan Kmenta.
Situace v ÚSTR je v poslední době napjatá. Spory o ÚSTR vyvrcholily odvoláním ředitele Hermana a jmenováním Pavly Foglové. Nová ředitelka následně odvolala několik dalších zaměstnanců. Vládní ODS a opoziční ČSSD se navzájem obviňují z úsilí o politický vliv na instituci. Proti změnám se postavila i část zaměstnanců. Hlavní radu, která například volí ředitele ÚSTR, vybírá Senát, v němž má nyní převahu levicová opozice.