Kritici zejména z ČSSD návrhu vyčítali, že způsobí neústavní nerovnost mezi restituenty, neboť církvím umožní vrátit prakticky všechen majetek v držení státu. Náhrady za ostatní nemovitosti jsou podle ČSSD nadhodnocené až o 54 miliard korun. Cena zemědělské půdy prý byla nadhodnocena čtyřnásobně, cena lesů až desetinásobně, uvedl místopředseda ČSSD Jiří Dienstbier.
Opozice zpochybňovala také rozsah vydávaného majetku. Varovala, že se prý zákonem může prolomit restituční hranice 25. února 1948, což zástupci vlády poukazem na text zákona jednoznačně odmítli. Vadilo jí také, že majetek má dostat i sedm církví, které před rokem 1990 v Česku neexistovaly. Předseda Senátu Milan Štěch (ČSSD) požadoval dojednání nového normy.
Oponenti argumentovali tím, že mnohé výtky svědčí o neznalosti předlohy, která vzešla z dohody státu se 17 církvemi. Přijetí zákona je podle ministryně kultury Aleny Hanákové (TOP 09) nutné s ohledem na verdikt Ústavního soudu. Bez zákona by se církve mohly domáhat soudně i majetku v soukromém vlastnictví. Zákon by také odstranil blokaci církevního majetku, která omezuje rozvoj asi pětiny obcí. Senátory vyzvala, aby byli moudří a na věc se dívali bez emocí.
Zákon počítá s tím, že církve by měly dostat asi polovinu svého historického majetku v hodnotě zhruba 75 miliard korun, který je v držení státu. Musely by prokázat, že na majetek mají nárok a že jim byl zabrán mezi 25. únorem 1948 a 1. lednem 1990. Za nemovitosti, které náleží obcím, krajům nebo soukromníkům, mají církve získat náhradu 59 miliard korun během 30 let, tedy dvě miliardy ročně. K této částce by se ovšem připočítávala inflace. Stát by naopak církvím přestal hradit platy duchovních ve výši zhruba půldruhé miliardy korun ročně.
Jeden z nejvyhrocenějších okamžiků projednávání zákona v Senátu nastal po odpoledne po hodinovém projevu Petra Bratského (ODS), který se obsáhle věnoval mimo jiné zákonům upravujícím církevní vlastnictví. ČSSD poté přes protesty koalice prosadila zkrácení řečnické lhůty i případné noční jednání.
Proti zákonu nakonec po více než osmihodinové debatě, v níž se prolínaly opakující se argumenty pro a proti, hlasovali kromě sociálních demokratů oba zástupci Severočechů.cz, komunistka Marta Bayerová a bývalí sociální demokraté Vladimír Dryml a Jiřina Rippelová. O schválení zákona se pokusili senátoři ODS včetně jejich bývalého člena Petra Pakosty spolu s klubem TOP 09 a STAN a s lidovci, pět hlasů jim ale chybělo.
